Základný operačný postup CNC frézky zvyčajne zahŕňa zapnutie, návrat do referenčného bodu, zadanie programu, upnutie obrobku, nastavenie nástroja, obrábanie a vypnutie. Počas prevádzky sa musia dodržiavať bezpečnostné prevádzkové postupy, ako je nosenie vhodného ochranného vybavenia a správne používanie tlačidla núdzového zastavenia. Ovládací panel CNC systému zvyčajne pozostáva z CRT monitora, MDI panelu a ovládacieho panela obrábacieho stroja. Programovanie je základná zručnosť pre obsluhu CNC frézky, ktorá zahŕňa manuálne aj automatické programovanie.
Výber rezných parametrov sa musí riadiť určitými zásadami: cieľom hrubovania je vysoký úber kovu, zatiaľ čo cieľom dokončovania je vysoká kvalita povrchu. Kľúčové parametre, ako je rýchlosť rezania Vc a rýchlosť posuvu stola F, možno vypočítať pomocou vzorcov.
